В 2000 г. идея создания Научного музея была подана ректором университета А.Д. Плутенко. Первые экспонаты – археологические артефакты эпохи неолита – были переданы в фонд будущего музея в том же году академиком А.П. Деревянко, который руководил археологической экспедицией, прошедшей по берегам реки Зея от Зейского моря до Благовещенска.

Ректор университета А.Д. Плутенко, академик А.П. Деревянко и профессор А.П. Забияко

При проектировании нового 7-го корпуса была разработна концепция залов Музея, сочетающая экспозиционную и экскурсионную деятельность с учебным процессом. В разработке дизайна залов принимали активное участие студенты, преподаватели факультета дизайна и технологий.

Большой вклад в создание и развитие Музея внёс его директор в 2001– 2014 гг. С.В. Волегов. Он неоднократно выезжал в дальние районы области для сбора экспонатов, формировал коллекции, вел большую экскурсионную работу.

 С.В. Волегов (слева) - директор музея с 2001 по 2014 гг. и Мазин А.И. (справа) - археолог, этнограф, д.и.н.

С момента своего возникновения Научный музей был тесно связан с кафедрой религиоведения и истории, а также с лабораторией археологии и антропологии АмГУ. Сотрудниками кафедры и лаборатории разрабатывалась концепция музея, проводились экспедиции для пополнения фондов музея. В настоящее время Научный музей является частью общей структуры, объединяющей эти подразделения университета.

На базе Научного музея в 2014– 2015 гг. при поддержке Российского научного фонда (проект № 14-18-00308) создан центр коллективного пользования, разработаны и открыты новые экспозиции и фонды. Сотрудничество с РНФ сыграло существенную роль в открытии нового зала – «Русский Харбин», эскпозиции и фонды которого отражают одну из ярких страниц истории освоения русскими Дальнего Востока и контактов с Китаем.