В 1988 году на Дальнем Востоке была образована самостоятельная Хабаровско-Владивостокская епархия. В 1990 году после выделения из нее Владивостокской и Приморской епархии она стала именоваться Хабаровской и Благовещенской.
Освоение Приамурья совпало по времени с началом раскола церкви. Вследствие исторических обстоятельств, в частности, постоянных преследований со стороны официальной православной церкви и государственной власти, староверы были вынуждены мигрировать по территории России и уходить за границу.
Святитель Иннокентий родился 26 августа 1797 г. в селе Ангинское Верхоленского уезда Иркутской губернии в семье пономаря. Когда мальчику было около шести лет, его отец умер, семья терпела нужду. Мать и дядя (диакон), стараясь по быстрее дать ребёнку занятие – приобщали его к церковным службам, чтению богослужебных книг и в 1806 г. определили его в Иркутскую духовную семинарию. Там в 1814 г. Иван Попов получил от ректора фамилию Вениаминов в память о прежнем епископе Иркутском Вениамине (Багрянском).
Задолго до отъезда в Москву владыка Иннокентий был известен не только своими трудами на церковном поприще, но и научными публикациями.
В начале 19 века православие стало проникать в Приамурье с северных территорий Дальнего Востока, входивших в состав Иркутской епархии. Православные священники совершали миссионерские поездки к тунгусам, населявшим притоки Нижнего Амура.
В 1665 году с отрядом из 84 казаков Никифор Черниговский, приговоренный к смертной казни за убийство насильника воеводы Обухова, решил скрыться подальше от властной руки государства, бежал в Приамурье, где возродил острог Албазин. Сам острог был взят Хабаровым и назван Албазин от имени даурского князя Албазы, которому принадлежал острог до прихода Хабарова. Впоследствии Албазин был сожжен отрядом Хабарова.
В 1665 году вместе с отрядом казаков на Амур прибывает иеромонах Гермоген. Гермоген, отправившись в Даурские земли, взял иконы, поскольку без них невозможна ни нормальная церковная служба, ни полноценная частная молитва.