Святитель Иннокентий родился 26 августа 1797 г. в селе Ангинское Верхоленского уезда Иркутской губернии в семье пономаря. Когда мальчику было около шести лет, его отец умер, семья терпела нужду. Мать и дядя (диакон), стараясь по быстрее дать ребёнку занятие – приобщали его к церковным службам, чтению богослужебных книг и в 1806 г. определили его в Иркутскую духовную семинарию. Там в 1814 г. Иван Попов получил от ректора фамилию Вениаминов в память о прежнем епископе Иркутском Вениамине (Багрянском).
Задолго до отъезда в Москву владыка Иннокентий был известен не только своими трудами на церковном поприще, но и научными публикациями.
В начале 19 века православие стало проникать в Приамурье с северных территорий Дальнего Востока, входивших в состав Иркутской епархии. Православные священники совершали миссионерские поездки к тунгусам, населявшим притоки Нижнего Амура.